Действие сериала разворачивается в далёком 2371 году. Новый звёздолёт Объединённой Федерации Планет под названием «Вояджер» получает своё первое задание: отыскать корабль «Маки», принадлежащий организации, которая борется против Кардассианцев и считается террористической как Федерацией, так и самими Кардассианцами. Однако судьба распорядилась иначе: оба корабля попадают в пространственную аномалию, созданную таинственной инопланетной сущностью, именуемой «Опекуном». Эта аномалия переносит их в Дельта квадрант, находящийся на расстоянии 70 тысяч световых лет от Земли, и возвращение домой может занять десятки лет. Объединившись с экипажем корабля «Маки», капитан Джейнвей твёрдо решает, что «Вояджер» любой ценой вернётся на родную планету.

События сериала происходят в период с 2369 по 2375 год на космической станции «Дальний Космос 9», которая находится на орбите планеты Бэйджор, недавно освободившейся от оккупации Кардассианской Империи.

Совершенно случайно рядом со станцией обнаруживается пространственная аномалия — коридор, соединяющий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает «Дальний Космос 9» из почти бесполезного объекта в важный торговый центр.

Неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора прибывают войска нового врага — Доминиона. Станция «Дальний Космос 9», под командованием Бенджамина Сиско, оказывается на передовой линии военных действий и становится ключевой опорной точкой для войск Федерации и её союзников.

Секретный отдел Агентства Национальной Безопасности США разработал технологию, позволяющую перемещаться во времени, опираясь на инопланетные технологии, обнаруженные в Розвелле, штат Нью-Мексико. Устройство, названное Сферой, способно вернуть человека назад во времени, но только на семь дней, поскольку инопланетный реактор и топливо имеют свои ограничения. Из-за ограниченного запаса топлива использование Сферы разрешено исключительно в чрезвычайных ситуациях, связанных с национальной безопасностью. Этот проект размещён на секретной военной базе, расположенной в пустыне Невады.

В 22 веке человечество, долгое время ограниченное вулканцами в пределах Солнечной системы, наконец-то начинает осваивать дальний космос. На звездолете NX-01 «Энтерпрайз», оснащенном новейшими технологиями и первым двигателем, способным развивать скорость Варп-5, экипаж под командованием капитана Арчера отправляется на исследование. Им предстоит посетить множество планет, встретить как дружественные, так и враждебные цивилизации, участвовать в Временной холодной войне и спасти Землю от угрозы уничтожения расой Зинди, обитающей в загадочной Дельфийской зоне. Это рассказ о первых шагах человечества в космическом пространстве и истории создания Объединенной Федерации Планет.