События сериала происходят в период с 2369 по 2375 год на космической станции «Дальний Космос 9», которая находится на орбите планеты Бэйджор, недавно освободившейся от оккупации Кардассианской Империи.

Совершенно случайно рядом со станцией обнаруживается пространственная аномалия — коридор, соединяющий Бэйджор с Гамма-квадрантом галактики. Это открытие превращает «Дальний Космос 9» из почти бесполезного объекта в важный торговый центр.

Неожиданно через аномалию на орбиту Бэйджора прибывают войска нового врага — Доминиона. Станция «Дальний Космос 9», под командованием Бенджамина Сиско, оказывается на передовой линии военных действий и становится ключевой опорной точкой для войск Федерации и её союзников.