Одними из ключевых задач ФСБ являются контрразведка, борьба с терроризмом, противодействие политическому и религиозному экстремизму, расследование крупных экономических преступлений, охрана границ и борьба с наркотрафиком. Именно такими вопросами занимаются персонажи сериала «Спецгруппа». Создание сериала проходило в тесном взаимодействии с ФСБ, что придает действиям героев высокую степень правдоподобности. Многие эпизоды основаны на реальных операциях, проведенных ФСБ.

В семидесятых годах прошлого века семью молодого учителя Лебедева, живущего на окраине бурятского села, постигла трагедия. В деревне свирепствовали волки, не пощадившие ни самого Алексея Лебедева, ни его жену Катю. Во время кровавой атаки хищников мужчина и женщина погибли. Их маленьким сыновьям Кириллу и Филиппу каким-то чудом удалось спастись, но одного из мальчиков за руку укусил старый волк. Мальчики оказались в детском доме, но до наших дней дожил только Кирилл. Его брат Филипп умер при загадочных обстоятельствах, и никто не видел его тело.

В наше время в подмосковном поселке от рук кровавого изувера гибнет скот местного фермера. Местные правоохранители Станислав Ошурков и Антон Михайлишин берутся за расследование. Во время следствия один за другим начинают погибать местные жители...

Ида, шестнадцатилетняя выпускница школы, очень любила свою маму Светлану. Мама была для неё самым близким человеком. Но однажды жизнь Иды резко изменилась: мама скоропостижно умерла, оставив её на попечение своей жестокой и недалёкой сестры. После этой трагедии Ида решила, что станет врачом, чтобы помогать людям и спасать жизни.

Спустя некоторое время в её жизни появляется отец, известный детский писатель Денис Корнилов. Он забирает Иду в свой роскошный дом в Переделкино. Однако и там девочка чувствует себя чужой. Отец полностью погружён в свою работу и не замечает, как мачеха и сводная сестра притесняют Иду. Единственным человеком, с кем Ида находит общий язык, становится её сводный брат Ромка. Между ними возникают сильные чувства, но обстоятельства вынуждают их расстаться.

Проходят годы, и Ида сталкивается с множеством трудностей, но не сдаётся. Она проявляет стойкость и решимость, добивается успеха и становится известным врачом. В её жизни появляется муж, сын академика, и у них рождаются дети. Однако, несмотря на все достижения и новую жизнь, Ида не может забыть свою первую любовь, которую потеряла в юности.

Недавно окончивший академию МВД, лейтенант Володя Репейников, внук знаменитого полковника Репейникова, устраивается на службу в Управление внутренних дел по Центральному округу, так сказать, «на землю».

Володя попадает в оперативную группу под руководством майора Брагина, который является опытным сыщиком старой школы и настоящим профессионалом своего дела. Вместе с Брагиным и его колоритными коллегами Володе предстоит окунуться в мир национального сыска, познавая все его тонкости и особенности.

История рассказывает о тринадцатилетнем мальчике по имени Саша Лавров. Роль Саши исполнили два школьника-близнеца, Андрюша и Саша Будыхо. Возможно, именно благодаря разнице в их характерах режиссеру удалось создать образ героя таким живым и непосредственным. Перед нами предстает мальчишка, которого можно сразу охарактеризовать как "беспокойный". Он выделяется среди сверстников своей уникальностью.