В 1987 году, спасаясь от преследователей, Бамблби прибывает на Землю и сразу же сталкивается с военными. В результате конфликта с ними и десептиконом, он теряет голос и повреждает свою память. Перед тем как отключиться, Бамблби сканирует рядом стоящий Фольксваген Жук. Спустя некоторое время, девушка по имени Чарли находит его на автомобильной свалке в небольшом городе в Калифорнии и получает в подарок на своё 18-летие. Загнав машину в гараж, Чарли с удивлением обнаруживает, что её новый жёлтый Фольксваген Жук совсем не обычный.

Кубо - потомок знаменитой семьи, но когда духи прошлого, стремящиеся к мести, вернулись, его защитниками стали только необычная пара хранителей. Теперь Кубо может спастись, лишь отыскав волшебные доспехи своего отца, легендарного самурая.