Лев Алекс, зебра Марти, гиппопотамиха Глория и жираф Мелман, а также король Джулиан, Морис, Морт и Пингвины продолжают свои попытки вернуться в Нью-Йорк. На этот раз их путь пролегает через Европу, где они решают создать собственный цирк.

В огромном муравейнике жизнь разделена на две части: одни муравьи работают, другие сражаются. Рабочие трудятся с утра до вечера, а солдаты ведут бои с термитами под строгим руководством властного и завистливого генерала Мэндибала. Такая система существовала всегда. Однако муравей по имени Антц, который занят строительством туннеля, начинает задумываться о том, что жизнь может быть иной.

Однажды в баре, куда тайно пришла принцесса Бала, Антц встречает ее и с первого взгляда влюбляется. Желая увидеть красавицу снова, он меняется местами со своим другом-солдатом Вивером и отправляется на военный парад, не подозревая, какие приключения ждут его впереди.

Четвёрка пингвинов-шпионов — Шкипер, Ковальски, Рико и Прапор — объединяется с командой «Северный ветер», чтобы помочь беззащитным животным. Вместе им предстоит остановить злобного осьминога, доктора Октавиуса Брайна, который замышляет уничтожить мир.

Жизнь на Мадагаскаре оказалась далеко не такой, как ожидали животные, привыкшие к удобствам Нью-Йоркского зоопарка. Лев Алекс, зебра Марти, жираф Мелман и бегемотиха Глория решают покинуть остров и отправиться в новое приключение. По воле случая, их путь приводит их в Африку. Здесь Алекс находит свою давно потерянную семью, с которой он был разлучен еще в детстве. Однако, к своему удивлению, он осознает, что жизнь в зоопарке сделала его совсем другим, и теперь у него гораздо меньше общего с родными, чем он мог предположить.

Четыре избалованных обитателя Центрального зоопарка Нью-Йорка - лев по имени Алекс, зебра по имени Марти, жираф по имени Мелман и бегемотиха по имени Глория - решают сбежать на свободу. После кораблекрушения они оказываются на экзотическом острове Мадагаскар, где живут лемуры и их враги фоссы. Осознав, что их городские привычки здесь не помогут, они с ужасом понимают, что придется адаптироваться к новым условиям. Здесь нет людей, привычных клеток и вкусной еды. Начинается настоящее испытание на выживание в дикой природе, где на каждом шагу подстерегают опасности.