"Миллениум Мамбо" рассказывает о жизни молодежи в Тайване в 2001 году, когда начинается новое тысячелетие. Молодые люди проводят время в клубах, встречаются и расстаются под ритмы мамбо. Вики и ее парень Хао-Хао постоянно ссорятся. Хао-Хао, одержимый ревностью, нуждается в постоянных доказательствах верности Вики. Он проверяет ее сумочку, телефон и даже обнюхивает ее, чтобы понять, где она была и с кем. При малейшем подозрении он прибегает к насилию. Несмотря на то, что у Вики есть друг Джек, мафиози, всегда готовый помочь ей, она снова и снова возвращается к ревнивому и жестокому Хао-Хао.

Шанхай, 1880-е годы. В городе действуют четыре роскошных борделя, называемых цветочными домами. Каждое из этих заведений управляется мадам, которая в прошлом была куртизанкой. Внутри домов работают старые слуги и молодые девушки, находящиеся в процессе обучения. Мужчины собираются за столами, наслаждаясь едой и алкоголем, играя в азартные игры и куря опий. Женщины живут в темных комнатах с панельными стенами, создавая атмосферу, напоминающую произведения Чехова, перенесенные в Китай.

Меланхоличный Ванг является постоянным клиентом Кримсон, но возникает вопрос, оставит ли он её ради молодой Жасмин. Эмеральд мечтает о свободе и надеется выкупить себя с помощью своего клиента Ло. Перл, которая уже не так молода, воспитывает своенравную Джейд. Джейд верит, что её возьмет в жены молодой хозяин Жу. Женщины либо постепенно увядают, либо закрывают глаза на реальность, либо теряют надежду на лучшее будущее.

Действие происходит в Китае во времена правления династии Тан. Профессиональная убийца получает задание устранить человека, но неожиданно её сердце начинает биться быстрее именно к нему.