История начинается примерно через месяц после драматического финала предыдущего фильма и рассказывает о новых приключениях режиссера Карла Денхема, который теперь втянут в многочисленные судебные разбирательства из-за разрушений, вызванных Конгом. Вместе с капитаном Энглхорном, который верит, что они вскоре разбогатеют, Денхем покидает Нью-Йорк. Они занимаются не очень успешным бизнесом, перевозя грузы на восток.

В голландском порту Da Kang они встречают прежнего шкипера, который когда-то продал Денхему карту Острова Черепа. Он утверждает, что на острове спрятаны сокровища. Ослепленные жаждой богатства, они верят ему. На самом деле, шкипер лжет им, чтобы они взяли его с собой, так как он только что убил человека и теперь ему нужно скрыться.

На далеком и диком острове научная экспедиция обнаруживает гигантскую человекообразную обезьяну и решает привезти ее в Нью-Йорк, чтобы показать публике. Кто бы мог подумать, что этот устрашающий монстр способен на такие глубокие чувства? Оказывается, огромная обезьяна не может жить без миниатюрной и нежной главной героини, показывая, что даже в самом страшном существе может скрываться способность к любви.