Прошло два года с тех пор, как команда отважных бойцов во главе с Клаудом Страйфом спасла мир от ужасного злодея Сефирота. В наступившем мире Клауд решил отойти от дел и нашел убежище в приюте для сирот, надеясь забыть о жестоких сражениях прошлого среди детей.

Однако покой оказался недолгим: таинственная болезнь начала поражать жителей планеты, а в окрестностях появился загадочный незнакомец по имени Кададж, явно замышляющий что-то недоброе. Его планы каким-то образом связаны с беззащитными сиротами, среди которых Клауд искал умиротворение.

В волшебном королевстве Люцис хранится священный Кристалл, который является объектом вожделения враждебной империи Нифльхейм. Империя не остановится ни перед чем, чтобы заполучить эту реликвию. Король Люциса, Регис, возглавляет элитный отряд солдат под названием «Кингсглейв». Никс Ульрик и его верные товарищи, вооружённые магией короля, встают на защиту столицы Инсомнии, чтобы противостоять неумолимому наступлению имперской армии.

Когда силы Нифльхейма начинают превосходить, Король Регис вынужден принять ультиматум: он уступает все земли за пределами столицы и соглашается на брак своего сына Ноктиса с Леди Лунафреей, бывшей принцессой захваченной земли Тенебра. В разгар войны махинации Нифльхейма превращают Инсомнию в огромное поле битвы, вовлекая Никса в борьбу за выживание всего королевства.