Эмия Сиро - молодой маг, обучающийся в Академии Хомурахара в городе Фуюки. Однажды он становится свидетелем битвы между сверхчеловеческими существами, сражающимися за Святой Грааль. Этот ритуал требует, чтобы маги призывали Мастеров и их слуг для участия в сражении. Сиро решает помешать главному злодею завладеть Граалем и спасти невинных жителей города. Однако ситуация выходит из-под контроля, когда загадочная Тень начинает хаотично убивать людей в Фуюки, сея хаос и разрушение.

Идет ожесточенная битва за Святой Грааль. Сакура Мато, не в силах справиться с тяжестью своих поступков, превращается в темную сущность. Сиро Эмия, несмотря на знание всей правды, решает защищать её до последнего вздоха. Он намерен следовать своему пути справедливости до самого конца. Вместе с Рин Тосакой он стремится положить конец войне за Святой Грааль.

Война за Святой Грааль представляет собой эпическое противостояние, в котором маги и вызванные ими легендарные герои прошлого сражаются насмерть ради исполнения единственного желания.

Сиро Эмии оказался в крайне затруднительном положении: в ход событий вмешивается загадочное существо в маске, а его верная союзница, Слуга Сэйбер, исчезает. Война, казалось бы, уже проиграна, но он не может просто так сдаться, ведь битва магов угрожает жизням обычных людей. В это время Дзокэн Мато, маг, который до этого момента лишь наблюдал за происходящим, решает действовать.

Так продолжается история искажённой и безумной Войны за Святой Грааль, неразрывно связанной с судьбой Сакуры Мато.

Сео Сидзуне с самого детства обладала способностью видеть будущее других людей, что всегда приносило ей страдания. Она много раз пыталась предупредить окружающих о надвигающейся опасности, но ей не верили. Всё изменилось, когда она встретила загадочного парня по имени Микия Кокуто.

В это же время Мерука Курамицу, мастер подрывного дела, всегда умудрялся избегать неприятностей благодаря своему дару абсолютного предвидения. Однако однажды он столкнулся с девушкой по имени Сики Рёги, которую не мог предсказать в своём будущем.

Прошло десять лет, и странный писатель разговаривает с милой девочкой в старом пятиэтажном заброшенном здании, переделанном под захламленный офис. В ходе их беседы события минувших лет неожиданно приобретают новый смысл.