Фильм "Яблочное зёрнышко: Проект Альфа" рассказывает о прошлом Дюнан и Бриарея до их прибытия в Олимп. История погружает зрителя в их боевое прошлое, показывая, как они стали теми, кем являются. Мы видим их участие в различных военных операциях, их личные испытания и борьбу за выживание. Эти события формируют их характеры и отношения, закладывая основу для их будущих приключений в Олимпе.

После успешного выполнения очередного задания отряд космодесантников готовится вернуться на Землю. Однако их планы нарушает неожиданный арест майора Генри Варро, известного как Герой, который производится лично министром паранормальной обороны Карлом Дженкинсом. Вскоре отдых откладывается: отряду поручают новую задачу. Генерал Джонни Рико приказывает им найти пропавший корабль под командованием капитана Кармен Ибанес, высадиться на его борт и выяснить, что произошло. Космодесантники соглашаются на миссию, но только при условии, что их возглавит майор Варро.