Черепашки-ниндзя продолжают противостоять коварным замыслам загадочного клана, возглавляемого их давним противником Шреддером. Их путь полон неожиданных событий, которые унесут героев в панцирях в космические просторы, феодальную Японию и даже в виртуальную реальность.