2071 год, Дальний Восток. Человечество ведёт изнурительную войну с неизвестной формой жизни — Клетками Оракула, которые, подобно чуме, распространились по всему миру около двадцати лет назад, поглощая всё живое. Эти клетки могут превращаться в яростных Богов — Арагами, ужасных и кровожадных чудовищ, не знающих пощады и неуязвимых для обычного оружия. Для борьбы с ними была создана специальная организация «Фенрир». Бойцы этой организации используют особое оружие — божественные механизмы, или Джинки, живое оружие, созданное из клеток Арагами. Эти механизмы могут принимать форму огнестрельного оружия, клинков или их комбинации. За способность уничтожать яростных Богов с помощью божественных механизмов бойцы получили прозвище Пожирателей Богов.

Сорей — молодой человек, выросший среди серафимов, волшебных существ, которых обычные люди не видят. Сорей верит, что когда-то давно все люди могли видеть серафимов, и мечтает разгадать эту древнюю тайну, чтобы серафимы и люди могли жить в гармонии. Однажды он впервые попадает в столицу людей и случайно оказывается втянут в череду событий, в результате которых извлекает из камня священный меч. Таким образом он становится Пастырем, призванным защищать мир от бедствий.

Обычный японский подросток Сиро Эмия жил себе спокойно в родном городе Фуюки, пока внезапно не оказался втянутым в войну между Мастерами-магами за Святой Грааль. Маг из Сиро был так себе, и шансы на выживание казались невелики. Но смерть еще не на пороге, а его союзница – белокурая красавица Сэйбер – уже рядом, и общение с ней куда приятнее! К тому же, школьная королева Рин Тосака неожиданно оказалась коллегой-Мастером и отличной девушкой. Правда, ее слуга Арчер – тот еще зануда, но это можно стерпеть.

Сиро не стремился к главному призу и категорически не хотел никого убивать, но, как говорится, на войне как на войне. Раз нельзя избежать, значит, нужно возглавить. Вот так наш герой и ввязался в борьбу за Грааль.

Токио, 1995 год. В одной из обычных старших школ учится 16-летний Микия Кокуто. Он не особо выделяется внешне, но обладает острым умом и потрясающей интуицией. Именно благодаря этим качествам он единственный обратил внимание на свою одноклассницу Сики Рёги. Эта девушка из богатой и древней семьи выделяется тем, что всегда носит кимоно и предпочитает не общаться с другими.

Микия решается подойти к ней, и вскоре между ними завязывается своеобразная дружба. Однако их отношения развиваются на фоне серии ужасных и необъяснимых убийств. В эти события оказывается втянуто куда больше людей, чем можно было бы предположить.

Как говорил Ницше, "Если долго вглядываться в бездну, бездна начинает вглядываться в тебя". Главные герои не боятся этих слов и многократно проходят по грани Великой Пустоты, пытаясь найти ответы на сложные вопросы. И пусть иногда их путь заводит их за пределы добра и зла, они всегда возвращаются. Они из тех, кто всегда возвращается.