«Чёрная лагуна» — небольшая компания, занимающаяся перевозкой грузов, зачастую нелегальных, по всему Южно-Китайскому морю. Она показывает тёмные стороны жизни в Таиланде, на Филиппинах, в Малайзии, Индонезии и даже Японии. В главном пиратском городе восточных морей, мифическом Роанапуре, за власть борются мафиозные группировки из Китая, Италии, Колумбии и России.