В 1999 году на Землю падает огромный метеорит, который на самом деле оказывается инопланетным космическим кораблем. Люди начинают изучать и восстанавливать его системы, чтобы быть готовыми к возможному появлению его владельцев. Однако прибывшие инопланетяне оказываются не хозяевами корабля, который назвали «Макросс», а их древними врагами. Главная пушка «Макросса» автоматически открывает огонь, и начинается война между землянами и гигантскими инопланетянами Зентреди.

Несмотря на свои огромные размеры и превосходное знание военного дела, Зентреди имеют слабое место: им незнакомы понятия «культура» и «любовь». Простая романтическая песня оказывается для них более разрушительной, чем все боевые роботы экипажа «Макросса». На фоне войны развивается любовный треугольник между пилотом Ичидзё Хикару, его начальницей капитаном Хаясэ Мисой и начинающей поп-исполнительницей Линн Минмэй.