В далёком будущем человечество сталкивается с угрозой со стороны инопланетной расы Мазонов, которая начинает уничтожать людей. Земное правительство, однако, не предпринимает решительных действий для защиты и сохранения независимости, предпочитая сохранять статус-кво. В этой ситуации капитан Харлок вместе со своим экипажем и космическим кораблём «Аркадия» решает самостоятельно противостоять инопланетным захватчикам. Мазоны, исследовавшие Землю в древние времена, теперь считают её своей собственностью и стремятся захватить планету.