Однажды в небе открылся портал между мирами, через который в наш мир проникли два существа с невероятной силой. Они начали сражаться друг с другом, оставляя за собой хаос и разрушения. В результате их битвы образовался загадочный разлом, который решают исследовать двое учёных. Однако после второй экспедиции они бесследно исчезают. Спустя годы их дети решают отправиться на поиски пропавших родителей.

Воздушный флот организации WILLE успешно выполняет операцию в Париже: отражает нападение армии беспилотных роботов, активирует огромный уплотнительный столб, восстанавливает город и захватывает боеприпасы и запчасти для «Евангелионов». В это время Синдзи, потерявший волю к жизни после смерти Каору и почти устроенного им Четвёртого удара, вместе с Рэй следует за Аской. Вскоре они оказываются в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди стараются наладить мирную жизнь.

Когда отец 10-летнего Ватару уходит из семьи ради другой женщины, его мать, не выдержав стресса, заболевает и попадает в больницу. Ватару решает взять судьбу в свои руки и изменить свою жизнь. Его друг Мицуру показывает ему вход в волшебный мир, и мальчик отправляется в удивительное путешествие. В этой стране, населенной магами и чудовищами, Ватару предстоит проявить всю свою смелость и вместе с верными товарищами преодолеть множество испытаний. Его цель — встретиться с Богиней Судьбы и изменить свою судьбу.

Синдзи выходит из комы, в которую он впал, когда пытался спасти Рэй от Ангела, поглотившего её. Он обнаруживает, что на его шее теперь надет сдерживающий ошейник. К тому же, Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Выясняется, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Несмотря на утверждения Мисато, что Рэй больше не существует, она появляется на новом боевом роботе серии «Марк» и освобождает Синдзи с воздушного линкора WILLE.