Элитное военное подразделение, известное как Корпус обороны, защищает мирных жителей от кайдзю, которые уже многие годы появляются по всей Японии. Останки этих чудовищ убирают профессиональные уборщики, среди которых и Кафка Хибино. Он недоволен своей работой, ведь в подростковом возрасте мечтал стать частью Корпуса обороны, но все его попытки оказались безуспешными. Однажды у него появляется шанс реализовать свою мечту: в его тело проникает паразит, и Кафка обретает способность превращаться в кайдзю.

За стенами, где дети воспитываются роботами, царит мирная жизнь. Это место во многом напоминает рай. Внешний мир же представляет собой адский пейзаж, населённый причудливыми и могущественными существами. Мару и Кируко отправляются в путешествие по тому, что когда-то было Токио, в поисках своего «рая».