Двое молодых, безусловно талантливых, учёных становятся единственными, кто способен спасти человечество от внезапной угрозы, когда Годзилла поднимается из глубин океана.

Юкио, Рин и Сиэми получают задание разобраться с поездом-призраком, который наводит ужас на жителей Тру-Крос-Тауна, похищая души случайных пассажиров.