После множества сражений, значительных побед и горьких поражений команда профессора Ксавьера распалась. Однако новый тревожный сигнал поступает из Японии, и краткое расследование показывает, что угроза нависла не только над отдельными людьми, но и над судьбой всего мира. Это означает, что Циклоп, Шторм, Зверь и Росомаха должны снова сесть в иксоплан и отправиться на острова в район Тохоку, где их помощь особенно необходима. Исчезновение молодой мутантки Хисако оказывается лишь верхушкой айсберга, скрывающего куда более зловещий заговор.

Токио, 2037 год. Благодаря передовым медицинским технологиям, смерть фактически побеждена: наноустройства внутри человека, управляемые системой S.H.E.L.L., позволяют жить до 120 лет без болезней и травм. Однако это достижение привело к серьезным социальным и экономическим проблемам, моральному упадку, деградации общества и значительному загрязнению окружающей среды. Появился и новый феномен: люди, отключенные от S.H.E.L.L., начинают терять свою человечность и превращаются в агрессивных мутантов.

Оба Ёдзу, живущий в трущобах, решается на предложение друга принять участие в диверсии — взорвать ворота на шоссе, ведущем в город с более чистым воздухом. В ходе этой акции он неожиданно обнаруживает у себя уникальные способности, которые кардинально меняют его жизнь.