«Мутанты Икс» рассказывает о людях, ставших изгоями из-за экспериментов в области генной инженерии. В результате секретных правительственных исследований они обрели сверхъестественные способности. Осознав, что ситуация выходит из-под контроля, организация, создавшая этих суперлюдей, пытается их уничтожить. Один из ученых, Адам, участвовавший в разработке программы, решает помочь мутантам и создает команду из четырех человек, названную «Мутанты Икс».

Эта команда ищет других мутантов, чтобы помочь им принять и контролировать свои уникальные способности, а также защитить их от создателей, включая бывшего коллегу Адама, Мейсона Экхарта.

Зои Бьюсик переживает трагедию: её сестра погибает в автокатастрофе. Вынужденная оставить свою работу, Зои переезжает из Лас-Вегаса в Чикаго, чтобы взять на себя заботу о своих осиротевших племянниках. В новом городе она устраивается в страховую компанию, где вместе с коллегой Дэном занимается расследованием различных страховых случаев.

Чарли Лэндерс – мировой лидер в популярной онлайн-игре «Герой. Восхождение». В виртуальной реальности он известен как Арон Стоун, неустрашимый защитник справедливости. Однако вскоре Чарли узнает, что игра на самом деле является тренировочной платформой для настоящих секретных агентств. Благодаря своим выдающимся навыкам, он получает возможность работать в одной из таких организаций.