В 2038 году был отправлен в путь седьмой корабль класса «Новый Макросс», на борту которого находился город колонистов. Руководить этим кораблем поручили Максу Джениусу, ветерану Первой Космической войны.

На «Макроссе 7» образуется рок-группа под названием «Fire Bomber», в которой главными вокалистами становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.

Во время своего путешествия колонисты сталкиваются с новым противником, и в этих сражениях начинают играть важную роль музыкальные способности Басары и Милен.