Старшеклассница Мицугу, обладающая редкой группой крови, находит смысл жизни в донорстве и регулярно посещает банк крови. Однажды в клинике она сталкивается с необычной бледной девушкой, которая, прежде чем потерять сознание, устраивает беспорядок в учреждении. Мицугу решает взять её к себе домой.

В 2029 году кибернетические технологии достигли такого уровня, что люди могут заменять свои конечности на роботизированные аналоги. Майор Мотоко Кусанаги, работающая в 9-м отделе службы безопасности, сталкивается с загадочным хакером, известным под именем Кукловод. Она погружается в расследование, чтобы выяснить, кто скрывается за этим псевдонимом и какие цели преследует этот таинственный преступник.

Маленькая девочка, никогда не выпускающая из рук таинственное яйцо, обитает в странном мире, полном мрака и теней. Она проводит свои дни, собирая всевозможные сосуды и артефакты. Однажды в этот город приходит мужчина, вооружённый крестовидным оружием.

В 2032 году, в мире, где техника достигла невероятных высот, люди живут бок о бок с киборгами и роботами. Бато, детектив из отдела по борьбе с терроризмом, является живым киборгом с искусственными конечностями и другими частями тела, сохранившим лишь свой мозг и память о Мотоко Кусанаги.

Вместе с напарником Тогусой, Бато занимается расследованием серии убийств, совершённых роботами, которые убивают своих владельцев. Все эти роботы относятся к экспериментальной модели секс-андроидов компании Locus Solus. Фирма предпочла бы замять инцидент, отозвав роботов с рынка и договорившись с родственниками жертв. Однако Бато и Тогуса не из тех, кто пойдет на компромисс в таком деле.

К 2029 году компьютерные сети и кибертехнологии стали неотъемлемой частью жизни, и почти каждый человек имеет различные имплантаты. Однако эти достижения принесли с собой новую угрозу: возможность «взлома мозга».

Неуловимый хакер, известный как Кукловод, начинает вмешиваться в политические процессы. В ответ на это, 9-й отдел Министерства Общественной безопасности, оснащённый передовыми технологиями, получает задание провести расследование и остановить Кукловода.

Действие фильма разворачивается в мире под названием Аннвн, где бушуют войны гармов – жестокие и разрушительные конфликты между тремя воинствующими племенами, в которых сражаются клонированные солдаты. В этих битвах они применяют силы воздуха, земли и передовые технологии. Однажды одна из клонов по имени Хара осознает, что ей не место в этой войне. Вдохновленная стремлением понять свое истинное предназначение, она решает покинуть поле бессмысленных сражений и отправляется в далекое путешествие.

В 2015 году студенты Кину и Муги случайно познакомились, когда оба пропустили последнюю электричку. Чтобы скоротать время, они пошли в кафе и вскоре обнаружили, что их интересы удивительно совпадают. Оказалось, что у них одинаковые предпочтения в кино, литературе, музыке, и даже обувь они носят одну и ту же. Так началась их пятилетняя история любви.