После освобождения от обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги сталкивается с новой задачей — научиться работать под руководством Арамаки. В это время неизвестный злоумышленник взламывает системы безопасности государства. Бато обращается за помощью к бывшему офицеру военной разведки Исикаве и бывшему специалисту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги также стремится привлечь в новый отряд 9-го отдела госбезопасности снайпера Сайто и тайного агента полиции Паза. Между двумя командами возникает напряженное соперничество.

История начинается с того, как офицер Альянса Джеймс Вега делает свои первые шаги в карьере. Его назначают в элитный спецназ Альянса в разгар конфликта с загадочной угрозой, известной как Коллекционеры. Вега и его команда оказываются в отдалённой звёздной системе, где им предстоит защитить жителей колонии от нападений таинственных захватчиков, пытающихся похитить людей.