Прошло 80 лет в мире Star Trek. Экипаж сменился, технологии стали более продвинутыми, а корабль Энтерпрайз обновился. Однако неизменными остались имя корабля и стремление его команды - отправляться в неизведанные уголки космоса, куда еще не ступала нога человека. На мостике теперь новое поколение, готовое к новым приключениям.

На нашу планету прибыли инопланетные существа, которые выглядели как обычные люди. Сначала они заявляли о своем дружественном намерении помочь человечеству, но вскоре стало ясно, что это обман. Выяснилось, что они вовсе не люди, а ящерицы. Естественно, люди не остались безучастными и начали организовывать сопротивление.