В прошлом великий воин Сефирот уничтожил деревню, куда он прибыл вместе с Заком и Клаудом в поисках своей матери. После этого он направился в горы к реактору Мако, где находилась его мать Женова. Беспокоясь о своём отце, туда побежала девушка по имени Тифа Локхарт, а затем туда отправились и солдаты Зак и Клауд.

Прошло два года с тех пор, как команда отважных бойцов во главе с Клаудом Страйфом спасла мир от ужасного злодея Сефирота. В наступившем мире Клауд решил отойти от дел и нашел убежище в приюте для сирот, надеясь забыть о жестоких сражениях прошлого среди детей.

Однако покой оказался недолгим: таинственная болезнь начала поражать жителей планеты, а в окрестностях появился загадочный незнакомец по имени Кададж, явно замышляющий что-то недоброе. Его планы каким-то образом связаны с беззащитными сиротами, среди которых Клауд искал умиротворение.