История разворачивается вокруг сотрудников ФБР и ЦРУ, которые решают работать вместе, чтобы противостоять усиливающейся террористической угрозе со стороны Усамы бен Ладена и «Аль-Каиды». Однако вскоре их сотрудничество превращается в конкуренцию между агентствами, что в конечном итоге приводит к трагическим событиям 11 сентября и началу войны в Ираке.

Фьюри и Талос объединяют усилия, чтобы предотвратить захват Земли скруллами.