Десятиклассник Кайто Даймон – типичный хулиганистый гений, которого больше всего в жизни привлекают загадки и головоломки, а не школьные успехи. Если бы не его подруга детства Ноноха Ито, спортивная и энергичная девушка, взявшая на себя заботу о «непутевом» Кайто, он бы, возможно, вообще не ходил в школу. Академия «Квадратный корень» тоже не совсем обычное место – здесь полно любителей паззлов, а президент школьного Совета и клуба головоломок, Содзи Дзикукава, даже умудрился озадачить самого Кайто. Коварный Содзи, взяв парня «на слабо», отправил его в смертельный лабиринт. С помощью Нонохи Кайто сумел пройти лабиринт и получил «контракт Орфея» – устройство, которое позволяет использовать возможности мозга на полную мощность, известное как «фи брэйн».

Теперь Кайто стал одним из Решателей – избранных, способных противостоять всемирной тайной организации, создающей новые неразрешимые загадки. Под псевдонимом Эйнштейн и в компании верной Нонохи (куда же без неё?) он начинает новую жизнь в среде, где не признают громких слов и пустых авторитетов. Чтобы занять своё место в иерархии Решателей, нужно доказывать свои способности делом, решая всё более сложные задачи и приближаясь к «мистерии Бога». Но самая главная загадка заключается в том, зачем всё это нужно директору школы и зловещей мировой закулисе.

Школьница Канон мечтает о славе певицы, но ее страх перед выступлениями мешает воплощению этой мечты. Поддавшись на уговоры своей одноклассницы, Канон решает вместе с ней создать клуб школьных айдолов. Однако директор школы согласится на создание клуба только при условии их победы на музыкальном фестивале школьных кумиров.

Мугэн — мечник с манерами брейкдансера: вспыльчивый, грубый и всегда голодный. Дзин — благородный и воспитанный ронин, чьё прошлое окутано мрачной тайной.

В мире нет двух самураев, настолько непохожих друг на друга. Судьба не только сталкивает их в поединке, но и вынуждает присоединиться к Фуу — целеустремленной молодой девушке, которая ищет таинственного самурая, пахнущего подсолнухами. Это история о любви, дружбе и мужестве... или, может быть, нет?!