Действие фильма разворачивается в 1942 году, спустя несколько месяцев после того, как союзники сумели расшифровать код машины «Энигма». На оккупированных территориях нарастает волна антинацистского сопротивления. Команда знаменитой подводной лодки, которой теперь командует новый капитан Клаус Хоффман, сталкивается с еще более суровыми испытаниями и военными столкновениями.

«Подводная лодка» повествует о трудном выборе, борьбе за выживание, границах человеческих эмоций и жестокой реальности жизни во времена бессмысленной войны.

В начале XX века молодой сирота Андреас Эггер оказывается на ферме в Альпах. Здесь он проведет значительную часть своей жизни, сталкиваясь с бедностью, войной и жестокостью. Однако, несмотря на все трудности, Андреас испытает и моменты подлинного счастья.

Жизнь 12-летней Анны была наполнена радостью и беззаботностью, но однажды всё изменилось. Её отец, уважаемый Отто Франк, принял решение вместе с семьёй покинуть Германию и переселиться в Амстердам. Вскоре после их переезда Нидерланды оказались под гнётом фашистской оккупации, и все евреи оказались в смертельной опасности. Осознавая всю серьёзность ситуации, Отто нашёл укрытие для себя, жены и двух дочерей в одном из зданий на окраине Амстердама. Теперь им приходилось жить в тесной комнате вместе с другими евреями, стараясь не привлекать к себе лишнего внимания. Чтобы поднять настроение младшей дочери, отец подарил ей на день рождения дневник. Анна сразу начала записывать в него всё, что происходило вокруг, создавая уникальные и ценные записи о тех тяжёлых временах.

Мориц и Ханнес, которым по 19 лет, дружат с самого детства. Однако однажды Ханнес попадает в аварию и впадает в кому. Врачи не могут сказать наверняка, очнется ли он когда-нибудь, но Мориц не теряет надежды и верит, что его друг придет в сознание. В ожидании этого момента Мориц решает проживать каждый день за двоих, стараясь сделать его особенным и наполненным событиями, которые Ханнес не может пережить сам.