Акихабара – удивительное место, где можно встретить самых разных людей – от слегка странноватых до совершенно сумасшедших. Именно такая разношерстная компания собралась в Лаборатории проблем времени, расположенной над магазином старых телевизоров. Возглавляет её 18-летний Ринтаро Окабэ, безумный учёный и борец с мировыми заговорами. В команде не обойтись без хакера – им является Итару Хасида, который, как полагается, толстяк и настоящий отаку. Добрая душа лаборатории – Маюри Сиина, подруга детства Ринтаро, официантка в мейд-кафе и фанатка косплея. Научную мощь коллектива значительно усилила юный гений Курису Макисэ, которая жаждет интеллектуальных приключений и простого человеческого тепла.

Команде удалось создать машину времени из обычной микроволновки и барахла, купленного на ближайшей распродаже. Великие открытия часто совершают любители, а профессионалы строят «Титаники». Однако после этого начались такие события, что дедушкин парадокс нервно отошел покурить в сторонке, а главный герой трижды проклял тот день, когда решил открыть врата Штейна. Он был готов рисковать своей жизнью, но не чужими. Хотя, как известно, сделанного не воротишь. Или все-таки можно?

Прошел год с тех пор, как Ринтаро Окабэ сумел стабилизировать мировую линию, где никто из его друзей не погибает. Однако частые путешествия во времени, которые он тогда совершал, создали множество побочных эффектов. Со временем это привело к тому, что Ринтаро исчез из этого мира. Единственная, кто его помнит, — его девушка Макисэ. Будучи выдающимся физиком, она начинает искать способы вернуть своего возлюбленного обратно.