2015 год, Токио-3. Пятнадцать лет назад произошёл Второй удар, в результате которого Антарктида растаяла, Земля пережила глобальную катастрофу, и большая часть человечества была уничтожена. Теперь планету атакуют Ангелы — таинственные существа, противостоять которым могут только гигантские роботы серии «Евангелион», созданные с помощью биотехнологий.

Четырнадцатилетний Синдзи Икари направлялся на встречу с отцом, руководителем влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергся нападению Ангела. С помощью капитана Мисато Кацураги парень добирается до подземной штаб-квартиры NERV, и единственное, что он хочет сказать отцу — это как сильно его ненавидит. Однако на месте выясняется, что Синдзи должен немедленно сесть в робота и сражаться с Ангелом.

После победы над последним Ангелом, NERV сталкивается с ещё более мрачной угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную базу нападают боевики Seele. Рэй объединяется с Лилит, а Синдзи предстоит принять решение — продолжит ли человечество своё существование или нет.

Воздушный флот организации WILLE успешно выполняет операцию в Париже: отражает нападение армии беспилотных роботов, активирует огромный уплотнительный столб, восстанавливает город и захватывает боеприпасы и запчасти для «Евангелионов». В это время Синдзи, потерявший волю к жизни после смерти Каору и почти устроенного им Четвёртого удара, вместе с Рэй следует за Аской. Вскоре они оказываются в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди стараются наладить мирную жизнь.

В 2015 году в Токио-3 разворачиваются события, происходящие спустя 15 лет после Второго удара, который растопил Антарктиду, вызвал глобальную катастрофу и привел к гибели большей части человечества. Теперь Землю осаждают загадочные существа, известные как Ангелы, и только гигантские биотехнологические роботы серии «Евангелион» способны противостоять им.

14-летний Синдзи Икари едет на встречу с отцом, главой влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергается нападению Ангела. Благодаря капитану Мисато Кацураги, Синдзи удается добраться до подземной штаб-квартиры NERV. Парень полон желания выразить отцу свою ненависть, но обстоятельства складываются так, что Синдзи вынужден немедленно сесть в робота и вступить в бой с Ангелом.

Синдзи выходит из комы, в которую он впал, когда пытался спасти Рэй от Ангела, поглотившего её. Он обнаруживает, что на его шее теперь надет сдерживающий ошейник. К тому же, Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Выясняется, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Несмотря на утверждения Мисато, что Рэй больше не существует, она появляется на новом боевом роботе серии «Марк» и освобождает Синдзи с воздушного линкора WILLE.

14-летний Синдзи Икари становится пилотом робота серии «Евангелион». Синдзи — сын главы организации NERV, Гэндо Икари. Он замкнут и не любит общаться, что усугубляется сложными отношениями с отцом. Не только Синдзи, но и другие молодые пилоты, а также взрослые сотрудники NERV, сталкиваются с похожими трудностями. Руководство организации скрывает от них истинные цели проекта, что добавляет напряженности в их жизни.

Синдзи постепенно привыкает к роли пилота боевой машины «Ева-01», когда в его жизни появляются новые девушки-пилоты. Мари, загадочная британка, и Аска, энергичная немка, искренне наслаждаются своей работой. Аска, как и Синдзи, переезжает в квартиру к Мисато и начинает учиться вместе с ним и Рэй. В это же время в NERV возвращается старый знакомый Мисато, Рёдзи Кадзи, и она не слишком рада его видеть. Пока молодые пилоты успешно сражаются с Ангелами, между ними всеми складываются непростые отношения.

Фильм повествует о Хаяо Миядзаки, его труде над созданием анимационной ленты «Ветер крепчает» и повседневной жизни в стенах студии Ghibli.

Домохозяйка Юри Кисибэно живёт с мужем и двумя детьми. На похоронах своей сестры Мисаки Тоно она встречает свою племянницу Аюми, которую не видела много лет. Девушка никак не может смириться с утратой матери и боится открыть письмо, которое та оставила ей перед смертью.

Юри решает пойти на встречу бывших одноклассников Мисаки, чтобы сообщить им о её уходе. Однако там происходит путаница: её принимают за Мисаки. Даже Кёсиро Отосака, писатель и первая любовь её сестры, ошибается. Они обмениваются контактами, и позже Юри получает сообщение от Кёсиро: «Можете поверить, что я всё ещё люблю вас?»