2045 год. После крупного экономического кризиса, известного как Синхронизированный глобальный дефолт, стремительно развивается искусственный интеллект, и человечество погружается в состояние, которое называют Устойчивой войной.

Бывшие сотрудники 9-го отдела становятся наёмниками и перемещаются по опустошенному войной и солнцем западному побережью США. Во время своих странствий они сталкиваются с новой, невиданной ранее угрозой — постчеловеком, существом, которое по всем характеристикам значительно превосходит киборгов.

Синдзиро Хаята — сын Сина Хаяты, который был первым Ультраменом, обладает уникальной силой. Однако он узнаёт об этом только после того, как на него нападают неизвестные. Ультрамен спасает Синдзиро и раскрывает, что он его отец. Синдзиро надевает костюм Ультрамена, предоставленный мистером Идом, бывшим членом Специального научного поискового отряда, и решает помогать отцу во всех начинаниях. Впереди их ждёт серьёзное сражение.

Лос-Анджелес, 2032 год. Молодая женщина приходит в сознание, не помня ничего о своём прошлом. Однако она обнаруживает, что обладает опасными боевыми навыками, на её теле есть татуировка чёрного лотоса, а в руках оказывается странное устройство. В поисках утраченных воспоминаний, она начинает путь к разгадке своей истинной сущности.

Фильм "Яблочное зёрнышко: Проект Альфа" рассказывает о прошлом Дюнан и Бриарея до их прибытия в Олимп. История погружает зрителя в их боевое прошлое, показывая, как они стали теми, кем являются. Мы видим их участие в различных военных операциях, их личные испытания и борьбу за выживание. Эти события формируют их характеры и отношения, закладывая основу для их будущих приключений в Олимпе.

2131 год. Война, обошедшаяся без ядерного оружия, практически уничтожила человечество и завершилась без явных победителей. Солдат спецназа Дюнан Нат оказывается в городе Олимп, который стал новым центром Земли, после того как она выжила в хаосе боевых действий. Ее бывший возлюбленный, Бриареос, который помог ей добраться до Олимпа, потерял свое тело в боях за Северную Африку и теперь является киборгом.

В Олимпе половина населения состоит из биороидов - клонов, созданных на базе тщательно отобранных людей и кибернетически усовершенствованных. Эти существа обладают природой, исключающей социальные конфликты и нестабильность. Город и его жители контролируются правящей элитой и кибернетическим мозгом по имени Гейа. Возникает вопрос: являются ли биороиды тем самым идеалом, о котором мечтало человечество, изнемогающее от конфликтов? Или же именно в Гейа скрыты причины грядущего краха?

В далеком будущем корпорация Гайя превратилась в главного врага Земли, лишив человечество свободы, дома и надежды на будущее. Казалось, что спасения не существует, пока не появился космический пират Харлок, капитан таинственного корабля «Аркадия». Этот беглец готов сражаться за Землю. Но кто он на самом деле — герой или преступник?

В 2133 году, после глобальной войны, унесшей жизни более половины населения Земли, город Олимп стал символом надежды в мире, полном разрушений и страданий. Олимп представляет собой утопию, управляемую суперкомпьютером Гайа, где важные политические посты занимают биороиды — искусственно созданные люди, лишенные эмоций злости и ненависти.

Дюнан Нант, молодая и опытная военная, и Бриарюс, элитный солдат с кибернетическим телом, являются напарниками и возлюбленными, защищающими покой этого идеального общества будущего.

Их дружба и партнерство подвергаются серьезному испытанию, когда Дюнан назначают нового напарника — Терея, экспериментального биороида-воина, созданного на основе ДНК Бриарюса. Терей выглядит почти идентично тому, каким был Бриарюс до превращения в киборга, что добавляет уникальности и сложности их взаимоотношениям.

На Марсе, который давно уже обжит людьми, жизнь идет своим чередом - спокойно и размеренно. Но в остальной части Федерации марсиан не считают особо умными, и Джон Рико, десантник, начинает сомневаться в возможностях своего отряда. Ведь команда постоянно проваливает миссии на симуляторе, где им нужно уничтожить колонию жуков. Однако, когда на Марс внезапно обрушиваются полчища настоящих гигантских насекомых, новобранцам предстоит доказать, что они способны защитить свою родную планету.

После успешного выполнения очередного задания отряд космодесантников готовится вернуться на Землю. Однако их планы нарушает неожиданный арест майора Генри Варро, известного как Герой, который производится лично министром паранормальной обороны Карлом Дженкинсом. Вскоре отдых откладывается: отряду поручают новую задачу. Генерал Джонни Рико приказывает им найти пропавший корабль под командованием капитана Кармен Ибанес, высадиться на его борт и выяснить, что произошло. Космодесантники соглашаются на миссию, но только при условии, что их возглавит майор Варро.