Жизнь генерального директора по планированию политики явно отличается от жизни обыкновенного офисного работника. Но такого поворота судьбы высокопоставленный чиновник Кодзиро Синдо не ожидал. Он отправлялся на самолёте в очередную деловую поездку, когда внезапно в небе появился огромный куб и поглотил самолёт вместе с пассажирами, включая Кодзиро. Потрясённые люди выбрались из транспортного средства и внутри куба обнаружили на вид обычного человека, который объявил, что этот куб называется Кадо.

Тем временем за пределами куба началась паника. Все японцы одновременно получили сообщение на свои телефоны: «Я, Яха-куй дзаСунина, уведомляю вас о своём намерении вмешиваться во внутренние дела Японии».

В недалеком будущем происходит катастрофа, позже известная как Взрыв, в результате которой появляется агрессивная форма жизни, стремительно распространяющаяся и угрожающая существованию человечества. Спасение мира, как обычно, ложится на плечи японских школьников. Старшеклассница, потерявшая родителей во время этой трагедии, должна проникнуть в центр научной лаборатории, где произошел инцидент, чтобы раскрыть правду о себе и остановить разрушительную материю.

События разворачиваются в далеком будущем на окраине Галактики. Человечество, объединенное в Галактический Альянс, ведет нескончаемую борьбу за выживание против инопланетной расы, известной как «Хидаасу». Во время ожесточенного сражения молодой лейтенант Ред и его «гуманоидное мобильное оружие» Чембер оказываются в пространственно-временном искажении. Пробудившись после искусственного сна, Ред обнаруживает, что оказался на давно забытой планете Земля.

Поверхность Земли полностью покрыта океанами, и люди обитают на гигантских флотилиях, извлекая из глубин моря древние артефакты. Не зная ни истории, ни культуры этой планеты, Ред оказывается на флотилии под названием Гаргантия. Здесь его приютит 15-летняя Эми, работающая курьером. Привыкший к бесконечным войнам и сражениям, Ред начинает осваиваться с мирной жизнью, которая постоянно преподносит ему новые открытия.

В альтернативной реальности Британская империя захватила треть мира, используя всю мощь своей военной машины для подавления непокорных народов.

В Японии, переименованной в Зону 11 после оккупации, живёт старшеклассник Лелуш вместе со своей младшей сестрой. Лелуш – изгнанный сын Императора, потерявший мать и право на престол. Он выделяется среди своих сверстников не только происхождением, но и выдающимися способностями, которые пока не нашёл где применить. Неожиданно он оказывается вовлечён в конфликт между японскими террористами и британскими солдатами, что приводит его к знакомству с таинственной девушкой по имени C.C. Она наделяет его сверхъестественной силой Гиас, позволяющей подчинять волю других людей.

Пряча своё лицо под маской и взяв имя Зеро, Лелуш присоединяется к подпольному движению, движимый жаждой мести Британии и своему отцу. Будучи студентом Академии Ашфорд, он вынужден вести двойную жизнь.