События фильма разворачиваются в 2036 году, спустя два десятилетия после того, как радиоактивное загрязнение в результате аварии на атомной станции превратило центральную часть Японии в пустыню, пропитанную радиацией. Благодаря достижениям генной инженерии появились люди, которые с самого рождения были устойчивы к радиации. Эти люди стали членами нового отряда спецназначения под названием «Коппелион». Три школьницы, входящие в этот отряд, отправляются в опустевший город Токио, чтобы найти выживших и выяснить истинные причины катастрофы, произошедшей двадцать лет назад.

В будущем миром правят молодежные банды, члены которых обладают сверхъестественными способностями. Их боятся как власти, так и обычные преступники, хотя иногда и сотрудничают с ними. Эти банды различаются по именам и цветам, соответствующим их стихиям. Пока в городе идет ожесточенная борьба между "красными" и "синими", на райском острове, где находится школа "Асинака", 17-летний Ясиро Исана, которого друзья зовут Сиро, мирно обедает в компании своей кошки. Однако, когда он отправляется в путь, его жизнь резко меняется: за ним начинают гнаться какие-то хулиганы, затем появляется странный меченосец, его кошка превращается в обнаженную красавицу, а сам Сиро узнает, что у него есть близнец-серийный убийца, с которым очень хотят встретиться члены Красной Банде и многие другие.

В Осаке происходит необычное соревнование, которое задумал сам Бог. Люди, подходящие для этого испытания по различным критериям, называются «Держащимися за руки». Эти участники могут вместе вызывать мистическое оружие под названием Нимрод, причем у каждой пары оно уникально. Пара, одержавшая победу в этом соревновании, получает возможность бросить вызов самому Богу, и если они выиграют, он выполнит любое их желание.

Однажды Саку подобрала на улице бездомного котёнка в холодный зимний день. Она и представить не могла, что из этого маленького черного пушистого комочка вырастет огромный говорящий кот, который мастерски готовит и убирает, а также обожает ходить на распродажи в супермаркетах.

Ятогами Куро и Неко отправляются на поиски своего друга, Первого Серебряного короля Адольфа К. Вейсмана. Однако их путь оказывается нелегким из-за противодействия клана Зеленых «Джунгли», возглавляемого бывшим наставником Куро, Мишакуджи Юкари. Они стремятся не допустить возвращения Бессмертного владыки и всеми силами мешают друзьям в их миссии. В это же время клан Красных «Хомра» переживает трудные времена после трагической гибели своего короля Суо Микото. Без своего защитника, юная Кушина Анна, известная как Красная принцесса, оказывается в большой опасности. Зеленый король Хисуи Нагарэ намерен сделать ее новой Красной королевой, чтобы использовать девочку в своих зловещих планах.