События фильма разворачиваются в 2036 году, спустя два десятилетия после того, как радиоактивное загрязнение в результате аварии на атомной станции превратило центральную часть Японии в пустыню, пропитанную радиацией. Благодаря достижениям генной инженерии появились люди, которые с самого рождения были устойчивы к радиации. Эти люди стали членами нового отряда спецназначения под названием «Коппелион». Три школьницы, входящие в этот отряд, отправляются в опустевший город Токио, чтобы найти выживших и выяснить истинные причины катастрофы, произошедшей двадцать лет назад.

Школьник Каэдэ Комура сильно увлечён своей одноклассницей Аи Миэ, которая обычно носит очки. Парень мечтает увидеть её глаза без очков и готов на всё ради этого. Однажды его мечта сбывается — Аи приходит в школу без очков.

В мае 1945 года, когда советские войска штурмовали Рейхстаг, нацисты из ордена Лонгина провели зловещий ритуал над окровавленным городом, стремясь приблизить апокалипсис. Много лет спустя группа обычных японских школьников оказывается втянутой в борьбу за судьбу человечества, столкнувшись с последствиями этого древнего обряда.

Альтернативная Япония, 1931 год. В стране продолжается 64-й год периода Мэйдзи, сёгунат Токугава остаётся у власти, и император Мэйдзи не смог вернуть себе трон. За соблюдением порядка следит организация правительственных карателей под названием «Нуэ». В это же время Япония разработала уникальный источник энергии под именем Жила дракона, что позволило стране достичь необычного уровня развития, объединяющего научно-технический прогресс и культуру эпохи Эдо.

Тем временем оппозиционная группа «Кутинава» готовит переворот; внутри «Нуэ», которая должна её подавить, назревает внутренний конфликт. А Сава Юкимура продолжает искать убийцу своей семьи, которая была уничтожена, когда она была ещё ребёнком.

Цубаса Арихара поступает в старшую школу и вскоре обнаруживает, что там нет бейсбольного клуба. Она решает создать спортивную команду для девочек, но сталкивается с серьёзным препятствием — школьный совет не поддерживает её амбициозную идею. После преодоления разногласий, Цубаса приглашает в команду всех желающих, независимо от уровня их подготовки. По мере того, как члены клуба начинают тренировки, в разнородной группе начинают возникать первые конфликты и ссоры.

В будущем миром правят молодежные банды, члены которых обладают сверхъестественными способностями. Их боятся как власти, так и обычные преступники, хотя иногда и сотрудничают с ними. Эти банды различаются по именам и цветам, соответствующим их стихиям. Пока в городе идет ожесточенная борьба между "красными" и "синими", на райском острове, где находится школа "Асинака", 17-летний Ясиро Исана, которого друзья зовут Сиро, мирно обедает в компании своей кошки. Однако, когда он отправляется в путь, его жизнь резко меняется: за ним начинают гнаться какие-то хулиганы, затем появляется странный меченосец, его кошка превращается в обнаженную красавицу, а сам Сиро узнает, что у него есть близнец-серийный убийца, с которым очень хотят встретиться члены Красной Банде и многие другие.

Однажды Саку подобрала на улице бездомного котёнка в холодный зимний день. Она и представить не могла, что из этого маленького черного пушистого комочка вырастет огромный говорящий кот, который мастерски готовит и убирает, а также обожает ходить на распродажи в супермаркетах.