События разворачиваются в бета-линии времени. Ринтаро Окабэ, пытаясь спасти свою возлюбленную через путешествия во времени, в итоге случайно лишает её жизни. Страдая от посттравматического стресса и чувства вины, он обнаруживает программу, которая позволяет загружать человеческое сознание в искусственный интеллект. К его удивлению, существует цифровая версия его погибшей девушки.

На протяжении нескольких лет человечество сражается с таинственным и могущественным врагом. Единственная надежда на победу — это дети, которые когда-то были погружены в криогенный сон ради их безопасности. Теперь они пробудились и обладают сверхъестественными способностями.

Паразиты — это существа, которые живут за счёт своих хозяев и обладают невероятной силой. Они посланы с небес и должны проникать в мозг человека, чтобы полностью контролировать его. Однако удача не всегда на их стороне. Именно из-за ошибки одного из паразитов школьнику Синъити Идзуми удаётся сохранить свою жизнь. Но эта же неудача превращает его в носителя загадочного существа, вынуждая Синъити постоянно бороться за выживание с другими, более мощными паразитами.

Супер Сонико — студентка 18 лет, которая играет на гитаре в женской рок-группе и работает моделью. Несмотря на свой насыщенный график, она всегда находит время, чтобы помогать бабушке в её ресторане. Однажды её подруги по группе, Судзу и Фури, опаздывают на выступление, и Сонико приходится играть одной.

«Чёрная лагуна» — небольшая компания, занимающаяся перевозкой грузов, зачастую нелегальных, по всему Южно-Китайскому морю. Она показывает тёмные стороны жизни в Таиланде, на Филиппинах, в Малайзии, Индонезии и даже Японии. В главном пиратском городе восточных морей, мифическом Роанапуре, за власть борются мафиозные группировки из Китая, Италии, Колумбии и России.