В будущем мир изменился до неузнаваемости: рядом с людьми живут призраки, роботы, пришельцы и киборги. Такое соседство не всем по душе, и многие не могут с этим смириться. Чтобы избежать паники, правительства разных стран решают скрывать эту информацию. В Японии создаётся специальная лаборатория, известная как Сверхчеловеческое Бюро, для изучения и наблюдения за этими существами. В Бюро отслеживают всех, кто не является человеком, контролируют их поведение и уничтожают, если они представляют угрозу. Поскольку только такие же сверхлюди могут противостоять сверхлюдям, в организации работают многие из них.

Будущее. В Токио частный сыщик Синдзюро Юки и его верная напарница Инга занимаются расследованием сложных и запутанных дел.

Зловещая организация «Инферно» стремительно захватывает власть, устраняя одного за другим боссов американской мафии с помощью легендарного киллера по прозвищу «Фантом», который никогда не терпит поражений. О загадочном убийце известно немногое, кроме его имени, так как те, кто видел его в деле, уже не могут ничего рассказать. Однако молодой японец Рэйдзи, случайно оказавшийся свидетелем одной из операций, узнает то, что скрыто от опытных бандитов и спецслужб.

Рэйдзи, странствующий в одиночку по США, должен был стать очередной жертвой, но босс «Инферно», наблюдавший за происходящим, остановил Фантома в последний момент. Поведение Рэйдзи перед лицом смерти впечатлило боссов, и ему дали второй шанс. Промыв ему мозги и стерев память, новые хозяева решили, что его быстрые рефлексы и воля к жизни сделают его отличным исполнителем. Когда Рэйдзи очнулся в неизвестном месте, перед ним появилась милая девушка по имени Айн («первая») и предложила сыграть в игру на выживание.

Эта девушка и была тем самым легендарным Фантомом. Но Рэйдзи оказался не так прост, и, достойно сдав последний экзамен (хотя противница явно поддавалась), получил кодовое имя Цвай («второй») и был принят в ученики к Айн. Оба они, несмотря на потерю памяти, сохранили здравый рассудок и вскоре поняли, что такая жизнь не может продолжаться долго. Оставался лишь один вопрос — ждать или стрелять первым?

Эш - студент первого курса в академии, где обучают взаимодействию с драконами. В то время как большинству учеников легко дается это мастерство, Эш сталкивается с трудностями и становится объектом насмешек. Его личный дракон до сих пор не появился, что только усугубляет ситуацию. Однако однажды происходит невероятное событие - дракон Эша пробуждается, но оказывается совершенно не похожим на других драконов.

Летом 2049 года ученик начальной школы по имени Юма Саватари, увлекающийся космосом и астрономией, сталкивается с необычным событием. Родители покупают робота-уборщика, которого зовут Нанако. Однажды, когда Юма решает обсудить с Нанако тему космоса, происходит нечто удивительное: её система выходит из строя, и её похищает инопланетный корабль. Пришельцы обращаются к Юме с просьбой помочь им вернуться в космос.