Европа, XIX век. Тысячелетний Граф вынашивает планы по уничтожению мира с помощью созданных им Акума — существ, сочетающих в себе душу умершего человека и механическое тело, превращаясь в живые орудия зла. Противостоят ему экзорцисты из Чёрного Ордена.

В один судьбоносный день всё человечество внезапно превратилось в камень. Спустя множество тысячелетий старшеклассник Тайдзю пробуждается от своего каменного сна и обнаруживает себя среди множества статуй. Но он не одинок: его другу Сэнку также удалось освободиться от каменной оболочки. Теперь, опираясь на свои научные знания, они вместе начинают восстанавливать цивилизацию с нуля.

Сэнку Исигами продвинулся в разгадке тайны зелёного света, который однажды превратил всё человечество в камень. Вместе с бывшими соратниками Цукасы Сисио он принимается за строительство корабля. Однако даже самому продвинутому судну требуется опытный капитан. Во время поисков Сэнку и его команда обнаруживают окаменевшего наследника крупного морского конгломерата — Рюсуя Нанами. В прошлом Рюсуй не был самой приятной личностью, но его знания о парусниках были бесценны. Сэнку решает рискнуть и воскресить капитана.