В прошлом человечество столкнулось с войной против расы гигантов Зентради. После сражений с инопланетными захватчиками, люди оказались на грани вымирания, и в качестве единственного пути к выживанию было решено осваивать космос. За долгие годы, прошедшие с момента катастрофы, человечество исследовало каждый уголок вселенной. В 2059 году, в составе огромного Иммиграционного Флота, корабль Макросс Фронтир направляется к центру галактики. В один из дней на борт прибывает поп-звезда Шерил Ном со своим концертом. Однако внезапно возникает чрезвычайная ситуация: поступает информация о приближении вражеского флота, который сметает все оборонительные рубежи. Положение становится столь отчаянным, что объявляется боевая тревога. Несмотря на все усилия остановить атаку, вражеские корабли неумолимо приближаются к гражданским судам...

В 2031 году в Гонконге произошла техногенная катастрофа, которая изменила всё живое на планете. Люди и материальные объекты приобрели новые свойства, а эволюция ускорилась в несколько раз. Эти изменения получили название B.R.A.I. Спустя семь лет после этого события, на окраине Нового Гонконга Леон Лау, оказавшийся в эпицентре катастрофы, занимается собственными исследованиями B.R.A.I., когда над миром нависает угроза глобального конфликта.

В далеком будущем, после множества природных катастроф, две трети населения Земли были уничтожены. В это время пробудились ангелы Тени, бессмертные крылатые существа, чья цивилизация была разрушена 12 000 лет назад. Вернувшись, они решили отомстить человечеству и вновь захватить мир. Однако люди не собирались безропотно ждать своей гибели. Из руин на морском дне они подняли три вектора - боевые машины, когда-то созданные самими ангелами Тени.

Война продолжается уже 11 лет с переменным успехом. Человеческое население сокращается, но и мифические существа не всегда одерживают победу в сражениях с гигантским роботом. Обе стороны ждут появления Солнечного Крыла, реинкарнации ангела Аполлониуса, который когда-то уничтожил своих собратьев. Только он способен вернуть Древу Жизни его былую мощь. Но он может выбрать и защиту человечества, раскрыть истинный потенциал Аквариона и навсегда покончить с ангелами. Судьба мира зависит от его выбора.

События разворачиваются в 1999 году, еще до появления Зентреди. В результате падения инопланетного космического корабля на Землю была обнаружена сверхтехнология, из-за которой разразилась война между ООН и АнтиООН. Этот конфликт длился восемь лет, и за это время многие опытные пилоты погибли, уступив место совсем молодым.

Шин Кудоу, молодой пилот истребителя F-14 Tom Cat из военно-воздушных сил ООН, был сбит противником и потерпел крушение на уединенном тропическом острове Майян. Его нашли и выходили местные жители. По удивительному стечению обстоятельств, этот остров и его племя имеют связь с Протокультурой, которая, вероятно, была принесена на Землю в древние времена. Необычные энергетические явления на острове по своей природе очень близки к той самой сверхтехнологии, которую обнаружила ООН.

Человечество столкнулось с колоссальной угрозой в виде инопланетного вторжения. В этой войне люди были вынуждены создать множество космических кораблей и отправиться исследовать просторы Вселенной в поисках нового дома.

На дворе 2067 год. Команда «Валькирии», состоящая из талантливых пилотов, тесно сотрудничает с эскадрильей «Дельта». Вместе они противостоят загадочной сущности под названием «Синдром Вар», которая стремительно распространяется по Галактике. Помимо этого, им приходится сражаться с «Воздушными рыцарями» — группой пилотов из Королевства Ветра, которые также управляют Валькириями.

Хитоми, молодая девушка, оказывается в другом мире, где царят война, жестокость и смерть. В этом мире она встречает героических рыцарей, которые относятся к ней как к взрослой женщине. Хотя Хитоми еще совсем юна, в ее родном мире остались мама, лучшая подруга и любимый человек. Но новый мир притягивает ее своей загадочностью и неизвестностью.

Человечество известно во вселенной своей непреклонной стойкостью и способностью выживать в любых условиях, будь то техногенные катастрофы или космические войны. В XXI веке, обогатившись знаниями и технологиями других цивилизаций, люди направились к ядру Галактики в поисках нового дома. Огромные корабли, напоминающие летучие материки, стали основой флотилий, несущих миллионы поселенцев к звездам. Однако оказалось, что самым серьезным врагом космических путешественников является не черная дыра или злобные пришельцы, а простая скука! Для большинства граждан путешествия между удаленными островками человечества практически недоступны, но избранные перемещаются свободно. И вот на звездный флот Макросс Фронтир с далекого флота Гэлакси прибывает одна из таких избранных - великая певица Шерил Ном.

Ее появление и первый концерт становятся катализаторами череды событий, где тайны прошлого переплетаются с загадками настоящего, и вновь возникает угроза гибели всей человеческой цивилизации. Кто же такая Шерил — ангел или демон, ведь на сцене она легко меняет образы? Какова ее связь с загадочной девушкой Ранкой Ли, которая оказывается гораздо более значимой фигурой, чем кажется на первый взгляд? Сможет ли Альто Саотомэ — бывший артист, ставший воином и пилотом по воле судьбы, разгадать эту головоломку? События первого фильма дилогии разворачиваются как настоящий ураганный видеоклип, отражающий саму суть вселенной Макросса!

История рассказывает о молодом пилоте Хикару Ичидзё, его возлюбленной Мисе Хаясе и начинающей певице Линн Минмэй. Эти события разворачиваются на фоне жестокой войны между человечеством и Зентради — гигантами-мужчинами, обладающими огромным космическим флотом. Зентради и Мельтанди, гиганты-женщины, живут раздельно и враждуют друг с другом.

В ходе конфликта практически всё живое на Земле уничтожается, и выживают только экипаж и жители Макросса. В разгар войны Миса Хаясе и Хикару Ичидзё оказываются на опустошённой Земле, где находят город-крепость Протокультуры и передают сигнал Макроссу.