Солнце потемнело, и мир Араты Касуги рухнул в одно мгновение. Выяснилось, что вся его реальность была лишь иллюзией, созданной древним гримуаром. Город, в котором он жил, на самом деле уже давно был разрушен феноменом расщепления, а его двоюродная сестра и лучшая подруга детства Хидзири исчезла. Полный решимости вернуть сестру любой ценой, Арата поступает в Королевскую Академию.

Рэн, студент, склонный к одиночеству и замкнутости, ищет смысл своей жизни. Воспоминания о рок-концерте, на котором он побывал в детстве, всё ещё живы в его памяти. Однажды, во время пения в караоке, двое молодых людей замечают его талант и предлагают ему создать музыкальную группу.

События происходят в альтернативной реальности, где наука тесно переплетена с магией, а сверхъестественные способности давно стали обычным делом. Обладатели этих способностей делятся на две группы: эсперов, которые получили один мощный дар благодаря направленной мутации, и магов, обладающих более широким, хотя и зачастую менее сильным спектром возможностей. Молодых эсперов со всей Японии собирают в едином образовательном центре – городе под названием Академия.

В этом городе учится Тома Камидзё. Его дар весьма необычен: правая рука Тома способна нейтрализовать любое парафизическое, магическое или божественное воздействие. Из-за этого Тома считает, что даже редкие моменты счастья обойдут его стороной, и вся его жизнь – череда неудач. То он наступит на телефон, то свяжется не с теми людьми, то обнаружит на перилах своего балкона милое и голодное существо в монашеском одеянии.

Тома и Индекс неожиданно сталкиваются с девушкой нулевого уровня по имени Ариса, как раз в момент завершения строительства космического лифта «Эндимион» в Академия-сити. Эта встреча оказывается не случайной: Ариса становится эпицентром множества неприятностей, так как за ней начинают охоту силы под руководством загадочной Шаттауры. Стейл утверждает, что именно Ариса является ключевой фигурой, из-за которой может разразиться война между Академия-сити и магами.