Инопланетянка по имени Харуко Харухара случайно сталкивается на своем скутере с учеником начальной школы Наотой Нандабой. Однако, чтобы достичь желаемого результата, она ударяет его по голове своей гитарой. В результате на месте удара у Наоты появляется шишка, из которой вскоре вырастает робот.

После победы над последним Ангелом, NERV сталкивается с ещё более мрачной угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную базу нападают боевики Seele. Рэй объединяется с Лилит, а Синдзи предстоит принять решение — продолжит ли человечество своё существование или нет.

В стране драконов Ноноко начинает свою работу в качестве зубного, чья задача — заботиться о зубах дракона, главного защитника государства. Конфликты с соседним государством становятся все более частыми, и однажды Ноноко находит на зубе дракона без сознания солдата из вражеской армии.

В 2015 году в Токио-3 разворачиваются события, происходящие спустя 15 лет после Второго удара, который растопил Антарктиду, вызвал глобальную катастрофу и привел к гибели большей части человечества. Теперь Землю осаждают загадочные существа, известные как Ангелы, и только гигантские биотехнологические роботы серии «Евангелион» способны противостоять им.

14-летний Синдзи Икари едет на встречу с отцом, главой влиятельной организации NERV, когда Токио-3 подвергается нападению Ангела. Благодаря капитану Мисато Кацураги, Синдзи удается добраться до подземной штаб-квартиры NERV. Парень полон желания выразить отцу свою ненависть, но обстоятельства складываются так, что Синдзи вынужден немедленно сесть в робота и вступить в бой с Ангелом.

14-летний Синдзи Икари становится пилотом робота серии «Евангелион». Синдзи — сын главы организации NERV, Гэндо Икари. Он замкнут и не любит общаться, что усугубляется сложными отношениями с отцом. Не только Синдзи, но и другие молодые пилоты, а также взрослые сотрудники NERV, сталкиваются с похожими трудностями. Руководство организации скрывает от них истинные цели проекта, что добавляет напряженности в их жизни.

Синдзи постепенно привыкает к роли пилота боевой машины «Ева-01», когда в его жизни появляются новые девушки-пилоты. Мари, загадочная британка, и Аска, энергичная немка, искренне наслаждаются своей работой. Аска, как и Синдзи, переезжает в квартиру к Мисато и начинает учиться вместе с ним и Рэй. В это же время в NERV возвращается старый знакомый Мисато, Рёдзи Кадзи, и она не слишком рада его видеть. Пока молодые пилоты успешно сражаются с Ангелами, между ними всеми складываются непростые отношения.