Школьник Кадзуя Кагами всегда носит с собой пояс оби, который остался ему от покойной матери. Однажды его атакует злобный дух амасоги, но внезапно из пояса появляется цугумомо — дух в образе красивой девушки в кимоно. Она спасает Кадзую от гибели. Девушка, представившаяся Кирихой, сообщает ошеломленному Кадзуе, что теперь будет жить с ним.

В 2038 году был отправлен в путь седьмой корабль класса «Новый Макросс», на борту которого находился город колонистов. Руководить этим кораблем поручили Максу Джениусу, ветерану Первой Космической войны.

На «Макроссе 7» образуется рок-группа под названием «Fire Bomber», в которой главными вокалистами становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.

Во время своего путешествия колонисты сталкиваются с новым противником, и в этих сражениях начинают играть важную роль музыкальные способности Басары и Милен.