Девушка по имени Кото вместе с двумя младшими братьями оказывается в необычном городе, существующем в параллельной реальности. Их появление нарушает многолетний покой, царивший в этом месте.

Когда человечество оказалось на грани уничтожения из-за злого учёного Доктора Хелла и его подпольной империи, Кодзи Кабуто и его суперробот Мадзингер Зэд, вместе с друзьями из лаборатории фотонной энергии, смогли остановить разрушительные планы и вернуть мир на Землю.

Прошло десятилетие. Кодзи, следуя по стопам своего отца и дедушки, стал учёным. В ходе своей работы он обнаруживает ранее неизвестную форму жизни, спрятанную глубоко под горой Фудзи. Это открытие приносит с собой новую угрозу и новые испытания, и судьба человечества снова оказывается в руках Мадзингера Зэд.