Прошел год с тех пор, как Басара покинул свою группу и отправился в одиночное путешествие по Галактике. Его путь приводит его на планету Зола, где обитают Галактические киты — редкие и ценные существа, пользующиеся большим спросом на черном рынке. Волею случая Басара оказывается втянутым в конфликт между эко-патрулем и браконьерами, что приводит к перестрелке.

Школьница Кономи Касахара, имеющая за плечами победы в нескольких турнирах по головоломкам, решает присоединиться к клубу скалолазания. Применяя свои навыки логического мышления, она стремится достичь высот в этом виде спорта.

В 2038 году был отправлен в путь седьмой корабль класса «Новый Макросс», на борту которого находился город колонистов. Руководить этим кораблем поручили Максу Джениусу, ветерану Первой Космической войны.

На «Макроссе 7» образуется рок-группа под названием «Fire Bomber», в которой главными вокалистами становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.

Во время своего путешествия колонисты сталкиваются с новым противником, и в этих сражениях начинают играть важную роль музыкальные способности Басары и Милен.

Деревня Сотоба, спрятанная в японской горной глуши, даже в конце XX века не поддается влиянию современной цивилизации. Здесь старики постепенно уходят, а некоторые молодые, такие как десятиклассница Мэгуми, мечтают сбежать в мегаполис сразу после окончания школы. Однако есть и те, кто выбирает иной путь: 32-летний Тосио Одзаки вернулся на родину и возглавил местную клинику, а семья Нацуно переехала из города, чтобы быть ближе к природе. Жизнь в этой отдаленной местности течет тихо и размеренно, но появление загадочных жителей в недавно построенном доме на холме нарушает привычное спокойствие. Это событие вызывает множество разговоров среди местных жителей, от жаждущей гламура Симидзу до последней деревенской сплетницы. Однако за интересными новостями вскоре следуют гораздо более тревожные известия.

Война, охватившая всю галактику, наконец-то завершилась, и люди вернулись к мирной жизни. Журналисты начали интересоваться прошлым участников группы Fire Bomber. В это время мэр Мирия, пару раз чихнув, приходит к выводу, что страдает неизвестной и неизлечимой болезнью, и решает заняться устройством личной жизни окружающих. В то же время к Макросу приближается флот Мильтран.

История о четверых друзьях: задире Нат-чан, популярном Мацун, садисте Кэити и отаку Цуёси, а также их романтических приключениях.