Бессмертное существо, способное принимать самые разные формы, начиная от камня и мха и заканчивая животными и людьми, однажды оказывается в тундре. Пройдя через несколько трансформаций, оно находит тело волка. В этом обличье существо встречает одинокого мальчика и отправляется с ним в путешествие. Во время этого пути бессмертное существо начинает постигать, как устроен мир людей и что означают жизнь и смерть.

Команда №7, возглавляемая Ямато, получила задание поймать Мукаде. Однако, злодей применил мощную печать, которая переместила его и окружающих в прошлое. В этом временном отрезке Наруто сталкивается с командой Минато и королевой Сарой. Вместе они будут пытаться разгадать тайну города Роуран и поймать преступника, который прибыл туда за шесть лет до Наруто.

В пяти странах всегда находятся личности, стремящиеся к абсолютной власти за счет других. В разгар нового кризиса начинают исчезать синоби с Кровным даром из скрытых деревень Травы, Камня, Облака и Песка. Лишь деревня Листвы остается нетронутой, что вызывает подозрения у остальных наций. Однако разведка Конохи быстро обнаруживает, что следы пропавших ведут на гору Сумисэн. После неудачной попытки добыть информацию, над деревней Листвы появляется гигантская фигура, предвещающая начало новой Великой войны ниндзя.

Коноха оказывается в опасности. Соседние страны не желают слушать доводы и стягивают войска, а князь Страны Огня приказывает Цунадэ быстрее найти виновника или готовиться к уничтожению. Собрав все имеющиеся сведения, Хатакэ Какаси решает пожертвовать собой ради спасения деревни. Лучшие стратеги Листвы и Песка не смогли найти другого плана и, хоть с тяжким сердцем, но одобрили его решение. Но что может холодная логика против решимости одного-единственного ученика Какаси-сэнсэя, парня в оранжевом, который не приемлет принцип «меньшего зла»? Ведь в мире Наруто побеждают те, кто следует велению сердца!

Наруто оказывается в тюрьме под названием «Кровавая тюрьма» после обвинения в покушении на жизнь Райкагэ и убийстве нескольких синоби. Он решает доказать, что не виновен в этих преступлениях.

На деревню Наруто совершают нападение отступники-ниндзя, захватывая местных жителей в заложники. Их цель - получить эликсир под названием Вода героя, который временно увеличивает чакру в десять раз. В отсутствие Какаси Хатакэ, Наруто и его товарищам предстоит самостоятельно справиться с угрозой.