Однажды Нахо Такамия получает письмо от самой себя, только из будущего, где она старше на десять лет. В этом письме подробно описаны события, которые еще не произошли, включая перевод нового ученика, Какэру Нарусэ, в ее класс.

В письме взрослая Такамия многократно подчеркивает, что она сожалеет о многих своих решениях и хочет изменить прошлое, надеясь, что Нахо сможет принять правильные решения, особенно в отношении Нарусэ. Прочитав письмо до конца, Нахо узнает, что через десять лет Какэру больше не будет рядом с ними. Будущая Нахо настоятельно просит уделять особое внимание Какэру, так как она не хочет потерять столь важного для нее человека.

Конец XX века. Несколько лет назад, будучи ещё девочкой, сэр Интегра Хеллсинг унаследовала от отца руководство тайной организацией «Хеллсинг», которая уже более ста лет защищает Британию от нежити. Она также стала госпожой укрощённого супервампира Алукарда. После очередной зачистки Интегра начинает замечать, что случаи спонтанного появления вампиров и созданных ими зомби стали значительно учащаться. В это время против «Хеллсинга» выступают 13-й отдел Ватикана «Искариот», состоящий из боевых магов под руководством паладина Александра Андерсона, и тайная организация «Миллениум».