События происходят в огромном городе Академия-сити и сосредоточены вокруг Акселератора – самого могущественного из семи эсперов пятого уровня. После того как он получил серьезные травмы, спасая «Последний заказ», герой утратил большую часть своих способностей. Теперь он вынужден восстанавливаться в больнице, ведя спокойную и размеренную жизнь. Однако все меняется с появлением загадочной Эстель Розенталь, которая втягивает его в конфликт с организацией, стремящейся использовать «Последний заказ» в своих зловещих целях. Теперь судьба всего мегаполиса зависит от Акселератора и его новой спутницы.

В детстве Эидзи Хосимия загадал желание, чтобы мир был уничтожен. Прошли годы. Эидзи, интровертный ученик старших классов, внезапно обретает невероятные способности и разрушительную силу.

Знатоки знают, что искусство ниндзюцу не исчезло в эпоху Токугава, а лишь ушло в подполье, распространяя слухи о своём конце. В наши дни ниндзя служат правительству, проходя обучение под прикрытием обычных школ. Одной из таких школ является токийская академия Хандзо. Здесь под руководством Кирия-сэнсэя обучаются пять девушек: простодушная Асука, утончённая Икаруга, смелая Кацураги, одноглазая Ягю и очаровательная Хибари. Недавно Асука успешно сдала очередной экзамен, и чтобы отпраздновать это событие, сэнсэй отправляет учениц на, казалось бы, несложное задание в торговом районе. Однако вскоре становится ясно, что в Японии много девушек-ниндзя, и далеко не все из них придерживаются идеалов добра, справедливости и государственной службы.

В недалеком будущем Земля переживает несколько вторжений инопланетян из другого измерения, известных как Новы. Мир погружен в войну с этими пришельцами. Для борьбы с ними в специализированных учебных заведениях разных стран готовят и тренируют генетически модифицированных девушек, называемых Пандорами, обладающих особыми боевыми способностями. Их партнёры - юноши, именуемые Ограничителями, способны «замораживать» врагов, что ограничивает их подвижность и даёт Пандорам преимущество в борьбе с Новами.