Фильм "Три" состоит из трёх частей, каждая из которых рассказывает отдельную историю, происходящую в Югославии во время Второй мировой войны. Все три истории объединяет один герой, и каждая из них показывает различные события того времени. Главной темой, пронизывающей все эпизоды, является насильственная смерть и эмоциональные реакции очевидцев на эти трагические события.

История фильма, как и одноименного романа, разворачивается с начала мировой войны и продолжается до середины 1960-х годов. В повествовании затрагивается исковерканная нацистами немецкая история, которая оставила глубокие шрамы на судьбах людей. Все персонажи произведения - это те, кто восстаёт против существующего порядка.

Москва, 1920-е годы. Драматург Николай Афанасьевич Максудов работает над пьесой под названием «Понтий Пилат». Эта дерзкая работа вызывает недовольство у критиков, и директор театра отказывается её ставить. Единственным человеком, который понимает произведение Николая, оказывается его возлюбленная Маргарита. В это же время в Москве появляется загадочный иностранец Воланд, называющий себя профессором чёрной магии.