Прошло несколько недель после событий финала мультсериала «Бен 10: Инопланетная сила», когда Вилгакс капитулировал. Бену Теннисону исполнилось 16 лет. Омнитрикс был уничтожен, и теперь ему предстоит освоить Ультиматрикс — новую версию Омнитрикса, предоставляющую доступ ко всем его предыдущим формам и способностям, а также позволяющую развивать их до более мощных версий, известных как Совершенные Формы (Ультимейт).

В Детройте начинают появляться зловещие Десептиконы. Их лидер, Мегатрон, стремится использовать Великую Искру, чтобы превратить всех роботов на Земле в своих приспешников. Однако на планету прибывают и Оптимус Прайм вместе с командой Автоботов. Они намерены остановить Мегатрона и сорвать его злодейские замыслы.

На Башню Титанов совершил нападение таинственный незнакомец из далёкой Японии. Титаны решают отправиться туда, чтобы разобраться, что побудило его на такой поступок. В ходе своих приключений в японской столице, Токио, юные герои раскрывают правду и восстанавливают справедливость. Как же может быть иначе?