Фильм рассказывает о жизни учеников обычной московской школы, об их взаимодействиях друг с другом и с учителями. Один из ключевых моментов - жестокий розыгрыш, устроенный учеником по фамилии Комаров в отношении преподавательницы английского языка. Этот поступок приводит к тому, что Комаров сталкивается с серьезными проблемами: завуч, решивший, что хулигану не место в школе, стремится его исключить.

В загадочное поместье графа Владимира Пазуркевича приезжает молодой человек по имени Николай Казанцев. Он мечтает отправиться в Италию, чтобы изучать изобразительное искусство, но отсутствие средств толкает его на рискованную авантюру. Представившись профессором, Николай старается создать впечатление, что он увлечённо изучает обширную библиотеку графа, и при этом не упускает возможности ухаживать за невестой Пазуркевича – прекрасной Анной.

Однако вскоре в имении начинают происходить странные и пугающие события, которые затягивают Николая в таинственный и мрачный водоворот.

Фильм "Оккупация. Мистерии" рассказывает три истории, каждая из которых разворачивается на фоне военных действий.

В первой истории, "Адам и Ева," Адам решает присоединиться к партизанам. По пути в лес он заходит к своему другу и встречает там обворожительную Еву, перед которой не может устоять.

Во второй истории, "Мать," женщина, потерявшая своего ребенка, находит раненого солдата врага и начинает ухаживать за ним.

В третьей истории, "Отец," мальчику-сироте не по душе, что у его матери появился новый мужчина. Партизаны используют доверчивость ребенка, чтобы расправиться с человеком, которого они считают предателем.