На протяжении долгих лет жители небольшого острова в Тихом океане, подвергшегося радиационному воздействию, поклонялись своему божеству — гигантской бабочке Мотре, а также её огромному яйцу, из которого должна была появиться новая Мотра. Всё это продолжалось до тех пор, пока тайфун не обрушился на остров, смыв драгоценное яйцо в море. Оно оказалось у берегов Японии, где его обнаружила команда рыбаков.

Мотра, вместе со своими двумя феями-хранительницами, обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо на остров. Однако они получили отказ, так как находка попала в руки крупной корпорации, которая решила превратить её в прибыльный туристический аттракцион. Но когда Годзилла вновь начал сеять хаос в стране, людям пришлось признать свою ошибку и обратиться к Мотре за помощью и защитой.

Инопланетные захватчики решают поработить Землю с помощью двух управляемых на расстоянии космических чудовищ. Противостоять им выходят Годзилла и другой динозавроподобный монстр по имени Ангирус.

Фильм рассказывает о битве за Рабаул, который был важным стратегическим пунктом для японской обороны на Тихоокеанском фронте во время Второй мировой войны. Это история не только о военных действиях, но и о любви, а также о человеческих взаимоотношениях в условиях невероятных испытаний и трудностей.

Японский адмирал Исороку Ямамото, известный своей тактической гениальностью и преданностью императору, испытывает серьёзные сомнения по поводу вступления Японии в войну с Соединёнными Штатами. Несмотря на его категорическое несогласие с планом нападения на Пёрл-Харбор, его мнение остаётся без внимания. В итоге, Ямамото вынужден возглавить свои войска в этом судьбоносном сражении.